เจ้าชายฟูมิฮิโตะทรงเป็นพระราชโอรสพระองค์ที่สองในสมเด็จพระจักรพรรดิอากิฮิโตะกับสมเด็จพระจักรพรรดินีมิจิโกะ มีพระอิสริยยศเดิมว่า อายะโนะมิยะ (礼宮 Aya-no-miya)

เจ้าชายฟูมิฮิโตะอภิเษกสมรสกับคิโกะ คาวาชิมะ ธิดาของทัตสึฮิโกะ คาวาชิมะ กับคาซูโกะ (สกุลเดิม ซูงิโมโตะ) เมื่อวันที่ 29 มิถุนายน พ.ศ. 2533 มีพระโอรส-ธิดา 3 พระองค์

1. เจ้าหญิงมาโกะแห่งอากิชิโนะ (ญี่ปุ่น: 眞子内親王 โรมาจิ: Mako Naishinnō; 23 ตุลาคม พ.ศ. 2534)
2. เจ้าหญิงคาโกะแห่งอากิชิโนะ (ญี่ปุ่น: 佳子内親王 โรมาจิ: Kako Naishinnō; 29 ธันวาคม พ.ศ. 2537)
3. เจ้าชายฮิซาฮิโตะแห่งอากิชิโนะ (ญี่ปุ่น: 悠仁親王 โรมาจิ: Hisahito Shinnō; 6 กันยายน พ.ศ. 2549)

เจ้าชายฟูมิฮิโตะทรงได้รับปริญญาวิทยาศาสตรดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์จากจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย,มหาวิทยาลัยบูรพา มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี มหาวิทยาลัยขอนแก่น มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ และมหาวิทยาลัยมหาสารคาม[5] จากการที่ทรงสนพระทัยและศึกษาด้านปลาน้ำจืด, ปศุสัตว์ และโดยเฉพาะไก่ ด้วยพระวิริยะอุตสาหะตั้งแต่ครั้งยังทรงพระเยาว์ อันเป็นที่ประจักษ์แก่นักวิชาการเป็นอย่างดี ทรงมีผลงานทางวิชาการ ซึ่งจัดพิมพ์เผยแพร่อย่างต่อเนื่องเป็นจำนวนมาก เช่น พระนิพนธ์ เรื่อง สมุดภาพไก่ในยุโรป ไก่กับคน : จากมุมมองชีวชาติพันธุ์วิทยา ซึ่งเป็นบทความทางวิชาการเกี่ยวกับความสัมพันธ์ระหว่างมนุษย์กับไก่ เป็นต้น[6]